Hola
Yo no estoy a la altura de otros miembros, pero te comento como lo hago.
Tengo una Olympus PM2, que son de objetivo intercambiable, pero sin espejo como lo tienen las reflex.
Con el zoom corto, le añado uno o dos anillos de extensión (el macro del pobre) en el caso de los peces pequeños, y subo la sensibilidad a 800-1600 ISO, ya que los peces suelen moverse y hay que estar por encima de velocidades de 1/60-1/80. Por suerte el sensor de mi cámara es bastante moderno y a esa ISO no hace demasiado "ruido".
No suelo usar flash. Mis acuarios tienen bastante luz por ser plantados y adicionalmente les pongo un flexo entre el acuario y la cámara. Además mi flash es de juguete.
Yo estoy empezando a hacer algo disparando en RAW en algunas fotos que quiero que salgan bien, pero estoy muy verde. Si tu cámara puede disparar a la vez en RAW y en JPEG, yo probaría así pues no pierdes nada salvo espacio en la tarjeta. Existe un programa gratuito para Linux y para Windows: el RawTherapee. Viene con unos ajustes predeterminados, por si los quieres usar. Yo para peces uso el preset Punchy1 o el Punchy2 y apenas hay que hacer nada más, salvo algún ajuste pequeño si quieres. Lo bueno de este programa es que incluso puede manipular razonablemente las fotos en JPEG que ya hayas hecho. Eso sí, guarda la nueva foto cuando hayas hecho todos los cambios que desees pues en cada archivado vas perdiendo calidad.